预处理为降低后续处理难度，制药废水必须先进行预处理，达到排除生物毒性物质干扰，降低废水浓度的目的。目前制药废水预处理方法主要包括：物化法、生物法等。
1.物化法
化学制药废水成分复杂，冲击负荷大，采用化学絮凝进行预处理，以便减少生物毒性物质干扰，降低废水浓度。利用混凝沉淀方法去除混合液中的有机物及部分非溶解态的溶媒物质具有较好的效果，COD能有效降低。
电解法如在甲红霉素废水中加入NaCl电解质，电解阳极间接氧化法的处理效果。电解产物NaClO具有极强的氧化性，对COD去除有一定的效果，但所需电解时间相对较长。
2.生物法
目前生物法预处理化学制药废水主要采用水解酸化。其原理是在废水处理中，利用水解酸化来提高废水的可生化性，也为废水的后期处理创造良好的条件。对于含有难降解物质较高的制药废水，水解酸化的重要作用已经逐渐得到人们的认可，水解酸化的相关研究也成为国内外的研究热点。
