氧化性杀菌灭藻剂是具有强烈氧化性的杀生剂，通常是一种强氧化剂，能够氧化微生物体内起新陈代谢作用的酶而杀灭微生物，对水中的微生物的杀生作用强烈。氧化性杀生剂对水中其它的还原性物质都能起到氧化作用，当水中存在有机物、硫化氢、亚铁离子时，会消耗掉一部分氧化性杀生剂，降低它们的杀生效果。循环冷却水系统中常用的氧化性杀生剂为含氯化合物、过氧化物、含溴化合物等具有氧化性能的化合物。
特点：杀菌速度快、成本较低，但药剂使用过程有一定安全隐患。
常用的氧化性杀菌灭藻剂有这几种：液态氯、二氧化氯(CLO2)、过氧乙酸、溴氯海因、二氯异氰尿酸钠(优氯净)、三氯异氰尿酸(强氯精)。
