早期的杀菌剂都是无机化合物，其中如硫磺粉和铜制剂至今仍在使用。
1914年德国的I.里姆首先利用有机汞化合物防治小麦黑穗病，标志着有机杀菌剂发展的开端。
1934年美国的W.H.蒂斯代尔等发现了二甲基二硫代氨基甲酸盐的杀菌性质，此后有机杀菌剂开始迅速发展。
在40～50年代开发的有三个主要系列的有机硫杀菌剂：福美类、代森类(如代森锌)和三氯甲硫基二甲羧酰亚胺类，此外有机氯、有机汞、有机砷杀菌剂也有发展。这些杀菌剂大多是保护剂，应用上有局限性。
60年代以来，更多化学类型的杀菌剂不断出现，其中最重要的进展是内吸性杀菌剂的问世。
1965年日本开发了有机磷杀菌剂稻瘟净，1966年美国开发了萎锈灵，1967年美国开发了苯菌灵，1969年日本开发硫菌灵，1974年联邦德国开发了唑菌酮，1975年美国开发了三环唑，1977年瑞士开发了甲霜灵，1978年法国开发了三乙磷酸铝。以上述为代表的内吸剂已成为70年代以来杀菌剂发展的主流。
与此同时，农用抗生素也有较快的发展。有机汞、有机砷和某些有机氯杀菌剂因毒性或环境污染问题而渐被淘汰。新一代的内吸剂由于防治效果提高而使杀菌剂的市场进一步扩大。
到80年代，杀菌剂的品种已超过200种。据调查，1985年全世界杀菌剂销售额达到25.4亿美元，占农药总销售额的18.4%。1984年杀菌剂中内吸剂的销售额已占44.2%，非内吸剂占55.8%。近半个世纪以来，杀菌剂的发展主要集中在防治真菌病害的药剂方面，而对于防治细菌和病毒引起病害的药剂还研究开发得很不够。
中国自50年代起主要发展保护性杀菌剂，70年代以来，开始发展内吸性杀菌剂和农用抗生素，并停止使用有机汞剂。由于杀菌剂的应用技术比较复杂，所以发展速度不如杀虫剂快，但是杀菌剂对农业的增产保护作用已经越来越被广大农民所认识，随着中国农业的现代化，杀菌剂的发展必将加快。
