第一，需要用两种或以上的化学材料，还要加助凝剂、混凝剂、絮凝剂，重金属去除率最高也只能达到98%%。若处理含量在500毫克/升以上的废水，因无法达标排放，很多企业只能用水稀释，以降低原水的重金属含量，这造成水资源的极大浪费，并增加了处理成本。
第二，由于在处理中添加两种或两种以上的化学材料，造成沉淀物增加，且当中的铜离子含量少，基本无回收价值。另外，沉淀物中聚丙烯酰胺分解物丙烯酰胺为神经毒素，会严重污染土壤，因此企业还必须花钱请专业公司做焚烧和深埋处理，以免造成对环境的污染。
第三，需将废水的pH提高到9以上，处理完重金属离子后，还要加硫酸，将废水的pH调回到7。
第四，采用多种化学制剂，造成废水COD（化学耗氧量）增加5—8倍，企业要在后道增加多级生化暴气池来降解COD，不仅占地大，还要投入巨额运作成本。
