重金属污染危害大、治理成本高，严重威胁生态环境。2014年，新疆将投入3653.5万元，开展7个重金属污染防治项目，使全疆重金属环境质量有所改善。
9月11日，记者从新疆维吾尔自治区环保厅了解到，目前环保厅已制定实施方案，计划通过治理，实现重点区域喀什地区莎车县重金属铅污染物排放量比2013 年削减15%，其它重点重金属无新增量。地表饮用水水质、河流湖泊水体及重点区域水和环境质量中的重金属污染物均100%达标。
根据2013年环保部重金属核查认定数据，新疆重金属污染物排放量为铅13701.56公斤、汞184.86公斤、镉940.15公斤、铬7566.55 公斤、砷20169.04公斤；重点区域喀什地区莎车县重金属污染物铅排放量为5691.19公斤。当年，全疆重金属环境质量安全，城镇集中式地表饮用水 水源水质、河流湖泊水体均无超标现象。
自治区环保厅相关负责人表示，近年来，自治区重金属污染防治工作取得初步成效，但仍存在一些问题，包括部分矿产采选企业建在河流两岸，部分病险尾矿库对河 流水质造成环境安全隐患；个别企业污染治理水平低；监测监管能力薄弱等。2014年，自治区还将加大对重金属超标排放企业的治理和日常监管力度。
